Все файлы, к которым можно обратиться из браузера (то есть те, которые должны быть видны в интернете), по умолчанию должны находиться в одной из папок вида domains/имя_домена. Сразу после регистрации аккаунта существует только одна такая папка — domains/ваш_логин.myjino.ru. И все файлы, которые вы загрузите в нее, будут доступны всем по адресу http://ваш_логин.myjino.ru/имя_файла.
После того, как вы зарегистрируете собственный домен (или перенесете с другого сервера уже существующий), в директории domains появится еще одна папка, имя которой будет совпадать с названием домена. Файлы для этого домена следует размещать именно в ней.
В любом случае, если вы сомневаетесь, в какую папку выкладывать файлы, вы всегда можете посмотреть это в своей контрольной панели в разделе «Хостинг / Домены / Мои домены». Там же вы можете привязать любой домен к любой папке внутри директории domains.
Примечание: Если у вас нет папки domains в домашнем каталоге, но вместо нее есть директория docs, то файлы сайта нужно помещать непосредственно в нее. Для дополнительных доменов и поддоменов в этом случае необходимо создавать папки рядом с директорией docs (но не в ней).